SACRUM – to eksponaty związane z liturgią kościoła katolickiego oraz dzieła sztuki, które miały pomoc spotkać się człowiekowi ze Stwórcą. Prezentujemy dawne monstrancje, kielichy, puszki, szaty liturgiczne oraz obrazy, grafiki i rzeźby prezentujące sceny z życia Jezusa i Maryi oraz świętych. Dzieła pochodzą od średniowiecza do nowożytności. W tej części oglądać można m.in. „Pokłon pasterzy” z 1575 r. włoskiego malarza Francesco Bassano, figurę Chrystusa z ruchomymi ramionami, przeznaczoną do obrzędów pasyjnych (jeden z nielicznych obiektów tego typu na świecie i dwóch w Polsce), oraz obrazy polskich wybitnych malarzy: „Chrystus jako pielgrzym” Szymona Czechowicza (XVIII w.) i „Chrystus w koronie cierniowej” Franciszka Smuglewicza (XVIII w). W zbiorach złotnictwa na uwagę zasługują późnośredniowieczne monstrancje wieżyczkowe z pocz. XVI w. oraz XVIII wieczne monstrancje promieniste z dekoracją figuralną o bogatym programie ikonograficznym, a przede wszystkim efektowny zestaw naczyń liturgicznych (kielich, ampułki i taca), zdobionych emalią ze scenami z Pasji - dzieło augsburskiego złotnika Michaela Maira (ok. 1700 r.). Wśród szat liturgicznych znaczące miejsce zajmują ornaty wykonane z pasów kontuszowych oraz barokowe ornaty z plastycznym haftem figuralnym. Nie można też przeoczyć ornatu włoskiej roboty z fundacji królowej Cecylii Renaty, żony Władysława IV (1644).

PROFANUM – eksponaty o tematyce świeckiej prezentowane są na piętrze i obejmują meble ( kabinety, stoły i krzesła), imponującą kolekcję zegarów (stojących i kaflowych), rzeźbę oraz malarstwo, głównie portretowe. Większość eksponatów datuje się na XVIII i XIX wiek. Prezentowane obiekty to przede wszystkim dary przekazane muzeum po II wojnie światowej przez prywatne osoby. Malarstwo polskie reprezentują m. in. Matejko, Malczewski, Rustem, Simmler, Wyspiański, Pankiewicz, Hoffmann. Osobne miejsce w zbiorach zajmuje polskie malarstwo współczesne, a zwłaszcza sztuka niezależna z lat 80-tych XX wieku, w tym dzieła artystów emigracyjnych m.in. Józefa Czapskiego, Jana Lebensteina, Adama Kossowskiego. Z kolei rzeźbę z początku XX w. reprezentują Antoni Madeyski i Henryk Kuna, a z czasów powojennych – Alfons Karny. W tej części ekspozycji prezentujemy także dwa obrazy Zdzisława Beksińskiego. Zwiedzając muzeum można wejść do korytarzyków zwanych królewskimi lub Piekarskiego, które stanowią część dawnego połączenia między Zamkiem Królewskim a Katedrą. Z tej perspektywy można podziwiać urok ulicy Dziekania i Kanonia. Więcej o historii tego miejsca można poczytać w zakładce Historia Muzeum. Zwiedzający przy wejściu do muzeum podziwiać mogą gotycką rzeźbę, przedstawiającą Madonnę z Dzieciątkiem na masce lunarnej. Rzeźba pochodzi z warsztatu Hansa Multschera z 1475 r. i jest jednym z 4 eksponatów z przedwojennej kolekcji muzeum. Piękna Madonna stoi na tle srebrnych plakiet wotywnych, które są wyrazem wdzięczności Bogu za wysłuchane modlitwy. Warto im się przyjrzeć, znajdziemy tam przedstawienia świętych, scenki, uzdrowione elementy ludzkiego ciała (ręce, nogi, oczy, płuca), inne wyproszone łaski (dziecko, dom, bydło). Najstarsza z plakiet powstała na początku XVI w. i przedstawia scenę nałożenia Jezusowi korony cierniowej, ale większość to zabytki XVIII. i XIX. wieczne.   Tuż obok rzeźby Madonny w gablotach prezentowane są pamiątki związane z wybitnymi Polakami – św. Janem Pawłem II, bł. Ks. Jerzym Popiełuszko oraz Stefanem kardynałem Wyszyńskim – Prymasem Polski w latach 1948-1981.