Podziemia archikatedry – dostępne dla zwiedzających - traktowane są jako nekropolia narodowa. Spoczywają tu dostojnicy duchowni , monarchowie i książęta.

Swobodny dostęp do krypt, możliwość organizowania wycieczek dla szkół i ekspozycji dostępnej dla turystów indywidualnych otwiera perspektywę obcowania z historią i kulturą narodową. Nawet drobne detale sztuki zdobniczej, które mogą spotkać na swojej drodze zwiedzający, stanowią przykład doskonałego rękodzieła najwyższej próby, a twórcami ich byli – dziś dla nas anonimowi – rzemieślnicy warszawscy. Zaistniała pilna potrzeba przeprowadzenia wszechstronnych prac konserwatorskich, a wieloletni zastój przy ich wykonywaniu nie poprawiał stanu krypt; murów, tynków elementów metalowych. Aż do rozpoczęcia prac przygotowawczych nigdy nie pokuszono się o wykonanie pomiarów choćby wilgotności powietrza w kryptach. W świadomości potocznej, kamienne sarkofagi czy stalowe kute kraty i balustrady wykonano z materiałów nie podlegających niszczeniu. Jednak warstwy korozyjne na stalowych powierzchniach wyraźnie wskazywały, że zostały zainicjowane procesy w wyniku zmian temperaturowo – wilgotnościowych, a zastosowane wcześniej rozmaite zabezpieczenia antykorozyjne przestały spełniać swoją rolę. W ramach prac przygotowawczych do rewitalizacji katedry zostały więc dokonane przekrojowe badania, których celem było uzyskanie przez inwestora pełnego obrazu kondycji infrastruktury i rozmiaru niezbędnych prac, które należałoby wykonać aby osiągnąć wszystkie założenia Programu. W tym celu zostały wykonane w dniach pomiędzy 6 kwietnia do 10 maja 2010 r. m.in. badania mikroklimatyczne w kryptach archikatedry. Pomiarów wykonano za pomocą urządzenia HOBO U10 Temp/RH Data Logger zamontowanego w pomieszczeniu krypty Gianottich na ścianie południowej na wys. ok. 2 m nad poziomem gruntu.

Prowadzący badania starali się znaleźć korelację pomiędzy wilgotnością pomieszczeń w kryptach i wilgotnością na zewnątrz Katedry, m.in. w trakcie opadów atmosferycznych. Badania wykazały charakterystyczny wzrost temperatury następujący pomiędzy godz. 24.00 i 07.00; prawidłowość ta obowiązywała dla całego okresu wykonywania pomiarów. Średnia wilgotność względna w okresie prowadzonych pomiarów wyniosła 66,29 %. Najniższą wilgotność względną zanotowano 26.04 (52,46%). Na wykresie widać wyraźnie, że znaczne podwyższenie wilgotności powietrza nie łączy się z nagłą zmianą temperatury wewnątrz krypty.

Dokonano również zestawienia warunków klimatycznych na zewnątrz oraz w kryptach kościoła w okresie, gdy wilgotność względna w kryptach osiągnęła minimum dane meteorologiczne czerpiąc z portalu www.meteoprog.pl Wnioski z tych badań posłużą zespołowi do przygotowania stosownych zabezpieczeń krypt przed zmianami wilgotności i temperatury w przyszłości, aby jak najskuteczniej chronić podziemną infrastrukturę Katedry, pamiętając o jej specjalnej roli w narodowej kulturze. Na potrzeby rewitalizacji i programu odbudowy Archikatedry Warszawskiej zostały również przeprowadzone badania geotechniczne. Inwestorzy i beneficjenci unijnego programu zdają sobie sprawę, że w związku z pracami budowlanymi w podziemiach Archikatedry i istotną przebudową krypt (m.in. przebiciem nowych przejść pomiędzy istniejącymi już korytarzami) zaistnieje potrzeba położenia nowych fundamentów konstrukcyjnych.

W tym celu wykonano szereg odwiertów wokół istniejących fundamentów Archikatedry oraz odkrywkę pomiędzy budynkiem Katedry i Kościołem Jezuitów. Udowodniono, że podstawową przyczyną zawilgocenia murów budynku jest woda występująca w zasypkach fundamentów, zaś woda gruntowa , która w okolicach Starego Miasta występuje na mniej więcej stałej głębokości 10 mm ppm nie ma wpływu na stan infrastruktury.