Przyjmuje się, że w XIV w. w miejscu dzisiejszego „Domu Dziekana” mogła znajdować się tu plebania kościoła św. Jana, wymieniona w źródłach z 1339 r. Murowany dom dziekana Jana Raciborskiego wzniesiono w XV-XVI w.
Powstał na dużej działce wydzielonej z ziemi należącej do zamku. W miejscu, w którym dziś znajdują się zabudowania domu dziekana Archikatedry, najprawdopodobniej umiejscowiona była plebania Kościoła św. Jana, o której wzmianki można znaleźć w źródłach z roku 1339. Na przełomie XV i XVI w. powstał nowy, murowany dom Dziekana Jana Raciborskiego, który skorzystał na wydzieleniu osobnej działki z pobliskich nieruchomości zamkowych. Skromny pałacyk, którym stał się ostatecznie budynek przy ulicy Kanonia między XVII a XVIII w. mieścił seminarium duchowne. W czwartej dekadzie wieku XIX, na potrzeby zamku ówcześni włodarze Warszawy zdecydowali się zdecydowanie uszczuplić seminaryjną nieruchomość. Jednak i tak w kilka lat później pałac zmienił przeznaczenie, przebudowany na zwykłą czynszową kamienicę. Potem przez ponad pół wieku (w latach 1870-1939) mieściły się tu biura zamkowe i mieszkania służby. Tylko nieliczne fragmenty murów parteru i pierwszego piętra ocalały z pożogi II wojny światowej. Ulica, przy której znajdować się będzie nowe Muzeum została zmieciona z powierzchni ziemi w czasie powstania, kiedy to samobieżna mina typu Goliath wbiła się w ścianę archikatedry i eksplodowała – niszcząc prawie doszczętnie okoliczną zabudowę.
Podobnie jak Archikatedra, budynek Muzeum uzyskał po wojnie zupełnie inny wygląd zewnętrzny. W przypadku Budynku na Kanonii było to jeszcze o tyle uzasadnione, że nie zachowały się żadne plany i dokumentacja, niezbędna do odbudowy wiernej z przedwojennym oryginałem. Co ciekawe. Stanisław Marzyński, kierujący odbudową w latach 1966-68 zdecydował się na wykorzystanie elewacji tylnej budynku jako frontowej dekoracji. Galeria przylegająca do pałacu powstała na miejscu zniszczonej w czasie wojny kamienicy wikariuszy z 1541r. Pałac dziekana jest więc jedynym budynkiem przy ulicy.
W ramach projektu rewitalizacji archikatedry, zdecydowano się na adaptacja pomieszczeń wszystkich kondygnacji budynku na Kanonii na cele Muzeum Archikatedralnego. W dalekosiężnych planach inwestor chciałby połączyć pomieszczenia powstającego Muzeum i budynku Katedry w jeden kompleks ekspozycyjny, przez wykorzystanie istniejących łączników na poziomie 1 piętra, rozważane są również w dalszym planie czasowym połączenia krypt z ciągiem turystycznym opracowanym na potrzeby Muzeum.
Sprawą pierwszoplanową wobec bliskiej perspektywy wykorzystania budynku na cele ekspozycyjne staje się gruntowna przebudowa wnętrz wszystkich kondygnacji, a także wymagane w przypadku nowoczesnych budynków użyteczności publicznej, udostępnienie obiektu dla osób niepełnosprawnych, a także wykorzystanie nowoczesnych technik audiowizualnych, mulitimedialnych a nawet trójwymiarowych gwarantujących zwrócenie uwagi odwiedzających na zbiory będące w posiadaniu Muzeum Archidiecezji Warszawskiej. Uatrakcyjnienie sal ekspozycyjnych przez wprowadzenie współczesnych środków prezentacji zbiorów.
W obiekcie zaprojektowano dwa podnośniki poręczowe dla niepełnosprawnych na wózkach: w piwnicach – umożliwiający pokonanie różnicy poziomów sal wystawowych oraz na klatce wschodniej – zapewniający dostępność sal ekspozycyjnych i biur na poddaszu.
ZMIANY ARCHITEKTONICZNE WYNIKAJĄCE Z NOWEJ FUNKCJI
Na poziomach parteru, 1 piętra i poddasza przewidziano likwidację wtórnych podziałów istniejącymi ścianami działowymi, wynikających z przypadkowo rozmieszczonych funkcji. Po tych zabiegach Muzeum uzyska przestrzenne wnętrza ekspozycyjne na parterze i piętrze oraz pomieszczenia biurowe i ekspozycyjne na poddaszu.
Na poziomach ekspozycyjnych zaprojektowano szereg przejść w ścianach konstrukcyjnych, które pozwolą na uzyskanie przestrzenności sal ekspozycyjnych i przestronnych ciągów zwiedzania. Łącznik wschodni umożliwi komunikację Muzeum z Katedrą ponad ulicą Dziekania. Dzięki wykorzystaniu powyższych przejść Muzeum i Katedra będą stanowić jeden kompleks ekspozycyjny. W celu połączenia projektowanego Muzeum z Katedrą planowanego w przyszłości, w planach znalazło się udrożnienie istniejących łączników na poziomie pierwszego piętra, które w zamierzeniach inwestorów. umożliwią na kolejnym etapie prac nad Muzeum, przejście z budynku Muzeum do pomieszczeń wieży, a dalej na strychy i chór katedry, dzięki niewykorzystywanemu dotąd zachodniemu łącznikowi.
