Muzeum Archidiecezji Warszawskiej współpracuje z Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie w ramach projektów digitalizacji i cyfryzacji zbiorów. Współpraca w ramach projektów współfinansowanych przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego realizowanych w latach 2017, 2018 oraz 2019.
Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego udzieliło wsparcia na rzecz Muzeum Archidiecezji Warszawskiej w ramach projektu Rozwój infrastruktury kultury, priorytet: Infrastruktura kultury.
Otrzymane środki zostały przeznaczone na wyposażenie ekspozycyjne, funkcjonalne i multimedialne.